Высшим руководящим органом Федерации является Конференция, которая созывается Советом по мере необходимости, но не реже одного раза в пять лет. В период между Конференциями постоянно действующим руководящим органом Федерации является Совет, формируемый из представителей членских организаций Федерации, избираемых и отзываемых их выборными органами.

Текущее руководство деятельностью Федерации осуществляет Президиум – выборный коллегиальный орган Федерации, который формируется из членов Совета по принципу прямого представительства от членских организаций Федерации, избираемых и отзываемых их выборными органами.

Конференция избирает контрольно-ревизионную комиссию.

Председателем Федерации профсоюзов Архангельской области является Савкин Александр Николаевич.